抗日战争时期，赣州市区屡遭日军飞机轰炸。1938年，日机9架，投弹30余枚，炸毁南外机场，并毁房屋数栋，伤居民30余人。此为日军轰炸赣州之始。

1945年1月，日军沿南昌至赣州公路向南侵犯，国民党军队和地方政府一面督促破坏公路，一面撤离，百姓纷纷逃难。2月2日，国民党赣县县政府开始破坏黄金机场，3日日军侵占赣县沙地，4日侵占五云桥。驻守赣州的国民党108师及国民党赣县县政府烧毁市区主要桥梁中正大桥后，全部撤离赣州。5日晨，日军自五云桥分两路进攻赣州城，一路沿昌赣公路从西门入城，一路直扑黄金机场，而后从南门进城，占领赣州。

1945年6月，进行撤退前的疯狂破坏，肆意烧杀抢掠，纵火烧毁南河、西河、东河3座浮桥及附近民房，烧毁市区主要街道，破坏机场、公路。16日日军全部撤退。17日国民党108师324团进入赣州。日军侵占赣州5个多月，惨无人道杀害181人，另有98人失踪，623人被打伤，房屋被烧毁1857栋，牲畜被抢掠12931头，损失财物200亿元(当时币值)。

1949年4月，中国人民解放军横渡长江，挥师南下。8月11日驻赣州的国民党党政军警全部撤离赣州，一时赣州成了一座空城。

1949年8月14日，中国人民解放军48军144师430团进入赣州城。8月15日赣州市人民政府成立。